"Zlatá" univerzita
Na místě Karlovy koleje (= Karolinum), historického sídla Karlovy univerzity, stál původně dům Jana Rotleva (Johlina Rothleva), královského mincmistra a bankéře z Kutné Hory, který objevil nová ložiska zlata v Jílovém, postavil tam královskou mincovnu a díky získanému bohatství nakoupil v Praze sousední domy a svůj dům přestavěl na gotický palác.
Listinou z 28. srpna 1383 Rothlev prodal svůj kamenný palác s věžemi, kaplí a 141 okny králi Václavu IV., čímž údajně zachránil svého syna Martina, kterému hrozil trest smrti za tasení meče při soudním jednání. Král komplex domů daroval Karlově koleji a pak do roku 1386 byly stavebně rozšířeny a spojeny do jednoho celku.
Karolinum bylo několikrát přestavováno: poprvé v letech 1383 - 1386 pro účely univerzity, podruhé pro účely právnické fakulty jezuitů. Zásadní barokní přestavbu provedl v letech 1716 - 1718 František Maxmilián Kaňka z podnětu rektora, profesora práv Václava Xavera Neumanna z Puchholtze. Dále byl stavební komplex modernizován roku 1882 Josefem Mockerem, v letech 1946 - 1968 byl celý areál rekonstruován podle projektu Jaroslava Fragnera a v letech 1996 - 1998 ve stejném stylu upraven architektem Tomášem Šantavým.
V době po bitvě na Bílé hoře bylo sídlem právnické a lékařské fakulty, za první republiky pak Německé univerzity v Praze.
Hlavní budova Karolina č.p. 541 mezi ulicemi Železná, Kamzíková a Ovocný trh (Hafenekrovo křídlo, rektorské křídlo, jihovýchodní dům) je národní kulturní památkou, celý areál mezi Celetnou ulicí (č.o. 14 - 20) a Ovocným trhem (č.o. 5 a 7) s domy č p. 559 (Bubnovský dům s dvorním křídlem a ohradní zdí), č.p. 560 (dům U Nožičků s jižním dvorním objektem a Rektorskou věží), č.p. 561 (dům U Sv. Jana s dvorním objektem) a č.p. 562 (Buquoyský dům) a kašna se lvy od současného českého sochaře Stanislava Hanzíka Pramen vědy, socha Mistra Jana Husa a oplocení a stožáry u hlavní budovy jsou chráněny jako kulturní památka.
Pražká univerzita byla založena nejméně třemi akty, zakládající listinou papeže Klementa VI., potvrzenou v Avignonu dne 26. ledna 1347, nadační listinou Karla IV. ze dne 7. dubna 1348 a pak Eisenašským diplomem ze dne 14. ledna 1349.
Vzorem pro její uspořádání byly univerzity v Paříži, Bologni a Neapoli, studium začínalo na fakultě svobodných umění ("artistické") a mohlo pokračovat na fakultě teologické, právnické nebo lékařské. Pro rozhodování o celouniverzitních záležitostech byli studenti i učitelé rozděleni do 4 "národů": českého, bavorského, polského a saského. Český národ zahrnoval obyvatele Čech i Moravy, jak česky, tak německy mluvící, dále Jihoslovany a obyvatele Uher. Bavorský zahrnoval Rakušany, Šváby, obyvatele Frank i Porýní, polský Slezany, Poláky a Rusy, saský obyvatele Míšeňska, Durynska, Horního/Dolního Saska, Dánska a Švédska. Studenti české národnosti tvořili 16 - 20 % z celkového počtu studentů.
Studium sice začalo už v roce 1347, rozbíhalo se však pomalu a podstatným krokem bylo založení Karlovy koleje roku 1366 a velkorysá stavba Karolina roku 1383. V roce 1409 upravil král Václav IV. Kutnohorským dekretem rozhodovací pravomoci ve prospěch českých reformistů, což vedlo k odchodu většiny profesorů a studentů, z nichž část se rozhodla založit univerzitu v Lipsku. Tímto odchodem došlo ke snížení významu pražské univerzity a ta se stala pouhou regionální, postupně upadající univerzitou, od husitských bouří univerzitou podobojí (utrakvistickou), což ji mezinárodně izolovalo.
Od poloviny 15. století měla pouze fakultu artistickou a i když zde působilo několik významných vědců, pečovala hlavně o výchovu učitelů. V polovině 16. století, když v Praze vznikla jezuitská kolej, povýšená císařem Matyášem roku 1611 na univerzitu, musela stará univerzita čelit silné mezinárodní konkurenci, a po porážce stavovského povstání roku 1620 byla roku 1622 nejprve odevzdána jezuitům. Roku 1654 se jako Univerzita Karlo-Ferdinandova obnovily i fakulty právnická a lékařská.
Ve sporech mezi arcibiskupem a císařem byla nakonec univerzita podřízena státu a od poloviny 18. století přetvořena na učiliště pro výchovu učitelů, kněží, lékařů a úředníků absolutistického státu. Jezuité byli z univerzity vykázáni a vyučovacím jazykem se stala místo latiny němčina. Roku 1848 se univerzitní studenti významně podíleli na povstání a roku 1849 změnil ministr hrabě Lev Thun-Hohenštejn novým zákonem všechny rakouské univerzity podle německého von Humboldtova vzoru na svobodná učiliště věd s jistou autonomií. Ve 2. polovině 19. století ovšem rostlo napětí mezi Čechy a Němci, až roku 1882 byla univerzita rozdělena na českou a německou. Počty studentů pak rychle rostly a čeští studenti měli brzy početní převahu; obě univerzity získaly řadu nových budov. Na německé univerzitě působili například vědci Ernst Mach, Christian Doppler a Albert Einstein, nebo pozdější rakouský politik Anton Rintelen, na české také pozdější prezident Tomáš Garrigue Masaryk.
Po pádu Rakousko-Uherska a založení Československa rozhodl Československý parlament zákonem z roku 1920 (tzv. lex Mareš), že nositelem tradice pražské univerzity je nadále česká Univerzita Karlova. V následujících letech vznikla řada nových budov, a to i pro univerzitu německou, rozšířilo se studium žen a vznikly i nové fakulty přírodovědecké. Národnostní napětí však pokračovalo a po nástupu nacismu v Německu se k němu pražská německá univerzita do značné míry přiklonila. Po obsazení Československa a studentských manifestacích roku 1939 byly české vysoké školy "dočasně" uzavřeny a majetek UK převzala univerzita německá.
V roce 1945 byla německá univerzita zrušena a její majetek převzala UK, řada historických dokumentů (včetně výše zmiňované zakládací listiny) se však při té příležitosti ztratila. V poválečných letech rychle rostl počet studentů, po komunistickém převzetí moci v únoru 1948 však byla téměř čtvrtina vyloučena a mnoho učitelů propuštěno. Radikální reformy ministra Zdeňka Nejedlého roku 1950 se řídily podle sovětských vzorů, zavedly povinné studijní programy, množství zkoušek a univerzitu zcela podřídily státu. Věda a výzkum byly z velké části převedeny do Akademie věd. Podporu měly hlavně přírodovědecké obory, vznikla Matematicko-fyzikální fakulta (1952), Fakulta tělesné výchovy a sportu (1953) a Fakulta technické a jaderné fyziky (1955). Po jistém pokusu o liberalizaci v šedesátých letech postihla i UK tzv. "normalizace", tj. rozsáhlé čistky mezi studenty i učiteli. Některé obory si přesto udržely jistou úroveň i prestiž.
Po tzv. "sametové revoluci" v roce 1989, o niž se přičinili i pražští studenti, byla obnovena akademická svoboda, senáty a volby funkcionářů a roku 1998 byly státní vysoké školy přetvořeny na školy veřejné s vlastním majetkem a rozhodováním. Prudkému růstu počtu studentů však neodpovídal nárůst financí a zejména investic, takže řada fakult se potýká s prostorovými problémy. Postupně se dařilo navazovat přerušené mezinárodní styky včetně studentských výměn a stále větší důraz se klade na vědeckou činnost univerzit.
Ztracené historické dokumenty se údajně dostaly do ruky rakouského starožitníka, od kterého je v roce 2018 koupil pražský starožitník Josef Salmon, který má starožitnosti v ulici U Obecníního domu 2 na Starém Městě. Od znalce měl údajně vědět, že se jedná o kradené listiny a musí je tedy odevzdat státnímu archívu. Salmon je však obratem v červnu 2018 prodal Univerzitě Karlově za 20 milionů korun. V prosinci 2021 soud uložil nepravomocně Josefu Salmonovi tříletou podmínku a peněžitý trest ve výši 5 milionů korun, dalších 20 milionů korun má propadnout ve prospěch Univerzity Karlovy.
Salmon se hájí tím, že listiny získal spolu s pozůstalostí po bývalém řediteli zemského archivu a právě ten měl před více než 100 lety archiválie ukrást.